В 1894 году на станцию Макушино прибыл первый паровоз «ОВ-107».
В 1896 году на церковно-приходские средства Иоанна Крондштадского была построена одноклассная церковно-приходская школа.
В 1897 году была открыта церковь Введенская и при ней второклассная церковно-приходская школа.
В начале 20-х годов школа была преобразована в семилетнюю.
В 1926 году школа размещалась в двух местах - в белой саманной учились начальные классы, а старшеклассники занимались в здании напротив вокзала. Во второй половине размещался железнодорожный вокзал им. К. Либкнехта и библиотека. В это время в школе действовало самоуправление – были старосты, класскомы, учкомы, проводили собрания, выпускали очень яркие стенгазеты, развивалась художественная самодеятельность, работали драматический, танцевальный, хоровой и художественный кружки.
В 1936 году школа стала средней № 55. Создан интернат при школе, состоящий из двух комнат.
В 1967 году школа передана Южно-Уральской железной дороге и стала железнодорожной школой № 3.
В 2004 году школа стала негосударственным общеобразовательным учреждением «Средняя общеобразовательная школа №46» ОАО РЖД.
В 2013 году создано муниципальное казённое общеобразовательное учреждение «Макушинская средняя общеобразовательная школа» №2 в здании, переданном из собственности открытого акционерного общества «Российские железные дороги» в собственность, казну муниципального образования Макушинского района Курганской области.
04.09.2013 года присоединение к муниципальному казённому общеобразовательному учреждению «Макушинская средняя общеобразовательная школа» №2 филиала – «Макушинская основная общеобразовательная школа» филиал муниципального казённого общеобразовательного учреждения «Макушинская средняя общеобразовательная школа» №2, реализующего программы начального общего и основного общего образования.
Директорами школы работали:
Николай Ампенов – 1896
Василий Богословский – 1897
Шульгин Иван Кириллович – 1900
Королинский Василий Иванович – 1926
Евдокимов Николай Васильевич – 1936
Салтыков Сергей Александрович – 1940
Шмаков Пётр Терентьевич – 1957
Квитко Виктор Васильевич – 1966
Паршенцев Павел Васильевич – 1967
Бураков Владимир Михайлович – 1973
Мальгина Тамара Игнатьевна - 1978-2009
Пяткова Людмила Георгиевна - 2009-2022
Дерябина Татьяна Юрьевна - 2022 по настоящее время